Uma boa dica é o utilitário safe-rm que não deixa você excluir os diretórios de sistema e outros que você desejar proteger.

1 – Instalação

Você pode instalar no Debian: $ sudo aptitude install safe-rm

Após a instalação ele cria o arquivo de configuração /etc/safe-rm.conf contendo todos os diretórios que ele não permitirá sua exclusão, por padrão ele já protege os seguintes diretórios:

2 – Modo de usar:

Se você tentar apagar algum diretório da lista aparece a seguinte mensagem:

Você também pode adicionar mais diretórios no arquivo /etc/safe-rm.conf ;)

Sites do safe-rm: http://freshmeat.net/projects/safe-rm

http://packages.debian.org/lenny/safe-rm

Dica fornecida pelo meu amigo gordo Rui.